Por decreto del Poder Ejecutivo con fecha 31 de octubre de 1946 se autorizó al entonces Ministerio de Marina la ocupación transitoria de un pabellón del hospital Durand construido entre los años 1938 y 1942 destinado en un principio para perfeccionamiento médico-quirúrgico. Dicha concesión terminaría al finalizar la construcción del Hospital Naval en la zona de Retiro, restituyendo las instalaciones al Ministerio de Justicia e Instrucción Pública.
El día 19 de Abril de 1947 se efectuó la ceremonia de inauguración de los consultorios externos con la presencia del Sr. Presidente de la Nación y el 27 de Octubre del mismo año la correspondiente a la internación de pacientes. Contaba la Armada Argentina con el HOSPITAL NAVAL PUERTO BELGRANO construido con las obras de la BASE NAVAL PUERTO BELGRANO e inaugurado en los primeros meses del siglo XX. En el año 1918 se agregó el HOSPITAL NAVAL RIO SANTIAGO y en 1947 se creó con la Gobernación Marítima de Tierra del Fuego, el HOSPITAL NAVAL USHUAIA.
En el año 1970 y luego de recibir de la Municipalidad de Buenos Aires un predio en la zona del Parque Centenario la Armada llamó a concurso de anteproyectos para la construcción del hospital central de la misma. Fueron los arquitectos Clorindo Testa, Héctor César Lacarra y Juan Genoud quienes vieron plasmados el proyecto de un hospital con una superficie cubierta de 30.000 metros cuadrados.
Cuatro años demandaría su construcción. El 22 de mayo de 1981 se inauguraron las obras básicas. Presidió la ceremonia el Comandante en Jefe de la Armada Almirante Armando Lambruschini, siendo Director de Sanidad Naval el Contralmirante Médico Samuel Morra. Se impuso el nombre al Hospital Naval Buenos Aires, “Cirujano Mayor Dr. Pedro Mallo”. Contaría el nuevo hospital con tomografía axial computada, cobaltoterapia, cámara hiperbárica, diálisis renal, bomba para circulación extracorpórea, hemodinamia, nuevas ambulancias y red informática.
Así se concretó el equipamiento del nuevo edificio con la dirección del Contralmirante Médico Jorge Fernández Fortuny. Con el nuevo hospital nacería el Sistema de Residencias Médicas, proyecto desarrollado por los Contralmirantes Médicos Morra, Fernández Fortuny y el Capitán de Navío Cariola, junto a los Profesores Osvaldo Fustinoni y Rolando Hereñú. En un comienzo residencia para Tenientes de Corbeta y desde 1987 su apertura como residencia para médicos civiles.